Créé en 1978 sous la forme d'un centre amphibie, le CECAP devient centre commando en 1982. En 2003, en s'appuyant sur d'extraordinaires capacités d'entraînement et d'aguerrissement très proches des conditions rencontrées dans de nouveaux théâtres comme l'Afghanistan, le CECAP évolue en un centre d'entraînement au combat.

C'est ainsi qu'aujourd'hui, même s'il permet aux unités de s'aguerrir physiquement au travers d'activités type « commando », le CECAP consacre l'essentiel de la formation à la tactique.

Afin de dispenser une instruction de qualité, le centre dispose de moyens et d'une infrastructure adaptés qui lui donnent une capacité d'accueil simultané de 2 sections ou pelotons soient environ 60 personnes.

Les exercices s'adressent à des sections organiques qui sont entraînées, chacun à son niveau de responsabilité. Pour permettre l'acquisition réelle et durable de savoir-faire collectifs, les combats sont répétés autant de fois que nécessaire, jusqu'à atteindre la perfection dans l'exécution et la qualité des ordres. Enfin, la section est souvent renforcée par des moyens interarmes (Génie, Blindé) et interarmées.

Régulièrement, en plus des unités des FFDj et de la division d'application des officiers de l'Ecole d'Application de l'Infanterie qui vient chaque année, le CECAP accueille des unités Djiboutiennes (Forces Armées Djiboutiennes, Garde Républicaine), américaines, ou d'autres nationalités pour des stages de 1 à 3 semaines. L'ensemble de ces stagiaires, depuis l'été 2006, représente un volume de 942 personnes, réparties dans 14 stages d'aguerrissement (3 semaines) et 19 stages d'initiation et d'adaptation (une semaine ou quelques jours).